Die Maschinenrichtlinie besagt zwar, dass eine unvollständige Maschine keine CE-Kennzeichnung beinhalten darf, jedoch sind auch hier Ausnahmen möglich.
Eine unvollständige Maschine, die neben der Maschinenrichtlinie auch unter die ATEX-Richtlinie fällt, benötigt trotzdem eine CE-Kennzeichnung. Die Maschinenrichtlinie Artikel 3 enthält einen Passus bezüglich spezieller Richtlinien. Dieser besagt das wenn andere Richtlinien Gefährdungen genauer erfassen, dass diese Richtlinie vorrangig anzuwenden ist.
Da die ATEX-Richtlinie eine CE-Kennzeichnung verbindlich fordert, darf auch die unvollständige Maschine nach ATEX nicht ohne CE-Zeichen in Verkehr gehen. Die Einbauerklärung der unvollständigen Maschine kann sich auf die ATEX-Richtlinie und Maschinenrichtlinie beziehen, um sowohl die Anforderungen der unvollständigen Maschine nach MRL zu enthalten wie auch der Forderung nach einer CE-Kennzeichnung laut der ATEX-Richtlinie zu entsprechen.